W sytuacji, gdy dysponuje się odpowiednim know-how i zapleczem technologicznym to wybór oprogramowania staje się jeszcze mocniej trudny przez wysokie zróżnicowanie dostępnych skryptów. Zaliczyć należy do nich niekomercyjne aplikacje open source, odpłatne oprogramowanie pudełkowe oraz tworzone na zamówienie oraz dostosowane do indywidualnych oczekiwań sklepy online. Wszystkie z wymienionych cechuje pełny dostęp do plików oraz baz danych, co jest ważną zaletą, jakiej nie posiadają rozwiązania SaaS. Dodatkowo posiadając dostęp do niezaciemnionego kodu aplikacji sklepu online można go zmieniać oraz wzbogacać o dodatkowe funkcje, jeżeli licencja aplikacji na to zezwala.
Podczas dokonywania wyboru aplikacji sklepu internetowego nie bez znaczenia jest jego koszt. Niemałą grupę skryptów sklepów internetowych stanowi soft open source. W przypadku znacznie okrojonego budżetu jest to najchętniej wybierane rozwiązanie. Warto pamiętać o tym, iż brak opłaty za software nie oznacza, iż wdrożenie całego sklepu online jest pozbawione wydatków. Może się okazać, co naprawdę często ma miejsce, że uruchomienie i dostosowanie sklepu internetowego na darmowej aplikacji open source jest wielokrotnie droższe niż komercyjne rozwiązanie pudełkowe. Dodatkowo odpłatność za aplikację wcale nie daje gwarancji lepszych możliwości i szybszego działania.
Pośród oprogramowania dostępnego bezpłatnie w obecnej chwili uwagę należy skupić na PrestaShop, OpenCart oraz Magento. Być może już wkrótce bezpłatne oprogramowanie sklepu internetowego Gekosale zainteresuje rodzimych przedsiębiorców planujących prowadzić sklep w sieci. Lepiej jednak nie dyskutować o przyszłości Gekosale, gdyż projekt ten jest bardzo świeży, wciąż tworzony i mało rozpoznawalny.